Molaop Analyser
C 67 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
A web application that performs Key Event enrichment analysis for Molecular Adverse Outcome Pathways using uploaded gene expression data.
Description
The application allows users to upload differential gene expression datasets or select from demo data and automatically detects key columns such as gene identifiers, log2 fold change, and p‑values. It performs KE enrichment using Fisher’s exact test with FDR correction and visualizes results in interactive volcano plots and a Cytoscape‑style AOP network where nodes are color‑coded by event type and expression level. Users can toggle gene nodes, adjust thresholds, and view network statistics. The tool also generates comprehensive PDF and HTML reports that embed the network visualizations and export tables in CSV, Excel, or JSON formats. Designed for researchers in toxicology and computational biology, it streamlines the workflow from raw data to publication‑ready documentation.
الوصف
يتيح التطبيق للمستخدمين رفع مجموعات بيانات التعبير الجيني التفاضلي أو اختيار مجموعات تجريبية مُدمجة، ويكشف تلقائياً عن الأعمدة الأساسية مثل معرفات الجينات، التغير اللوغاريتمي للانبعاث، والقيم الاحتمالية. يُجرى تحليل إثراء الأحداث الرئيسية باستخدام اختبار فشر مع تصحيح FDR، ثم يُعرض النتائج في مخططات فوليومو تفاعلية وشبكة AOP بأسلوب Cytoscape حيث تُرمز العقد حسب نوع الحدث وتُلون حسب مستوى التعبير. يمكن للمستخدم تعديل العتبات، تفعيل أو إلغاء تفعيل العقد الجينية، وعرض إحصائيات الشبكة. كما يُنتج التطبيق تقارير PDF وHTML شاملة تضمّ الشبكة المرئية وتصدّر الجداول بصيغ CSV، Excel أو JSON. يستهدف الباحثين في علم السموم والبيولوجيا الحاسوبية، ويُسهل سير العمل من البيانات الخام إلى وثائق جاهزة للنشر.
Novelty
7/10Tags
Technologies
Claude Models
Quality Score
Strengths
- Good test coverage (43% test-to-source ratio)
- Consistent naming conventions (snake_case)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Containerized deployment (Docker)
Weaknesses
- No LICENSE file \u2014 legal ambiguity for contributors
- No CI/CD configuration \u2014 manual testing and deployment
- 441 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
- 2 'god files' with >500 LOC need decomposition
Recommendations
- Set up CI/CD (GitHub Actions recommended) to automate testing and deployment
- Add a linter configuration to enforce code style consistency
- Add a LICENSE file (MIT recommended for open source)
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (2)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Repobility · severity-and-effort ranking · https://repobility.com | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | This web application allows users to upload or select gene expression datasets and perform Key Event (KE) enrichment analysis in the context of Molecular Adverse Outcome Pathways (AOPs). The results are visualized in interactive tables and network diagrams with comprehensive reporting capabilities. | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_category | Web Backend | web-backend | 70% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
