Fasthurdle
C 64 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
A fast R package that implements hurdle models using C++ for efficient analysis of zero-inflated count data.
Description
This R package offers a high‑performance implementation of hurdle models, leveraging C++ through Rcpp to accelerate fitting of zero‑inflated count data. It reproduces the functionality of the classic hurdle function while delivering significant speed gains, especially on large datasets. The package is optimized for peak‑gene link analysis in single‑cell multiome studies, where millions of cells and thousands of features demand efficient computation. Users can specify the count and zero‑inflation distributions, fit models with a simple formula interface, and obtain standard summaries and diagnostics. It is designed for data scientists and bioinformaticians who need fast, reproducible statistical modeling in R.
الوصف
تُقدّم هذه الحزمة حلاً سريعاً لنماذج الحواجز في بيئة R، حيث تُستَخدم تقنيات C++ عبر Rcpp لتسريع عملية التقدير. تُعيد الحزمة الوظائف التي توفرها الدالة التقليدية للنماذج الحاجزية، مع تحسينات ملحوظة في الأداء، ما يجعلها مناسبة للبيانات الضخمة التي تتضمن ملايين الخلايا. تُصمم الحزمة خصيصاً لتحليل الروابط بين القمم الجينية والبيانات التعبيرية في الدراسات متعددة الأبعاد للحمض النووي والحمض النووي المشتق. يمكن للمستخدمين تحديد توزيعات العد وتوزيعات الفجوات، وتطبيق النماذج عبر واجهة صيغ بسيطة، مع إمكانية الحصول على ملخصات قياسية وتشخيصات. تستهدف الحزمة علماء البيانات والباحثين في علم الأحياء الجزيئي الذين يحتاجون إلى نمذجة إحصائية سريعة وموثوقة في R. تُدعم الحزمة تعدد الخيوط عبر OpenMP، مما يتيح استغلال معالجات متعددة لتسريع الحسابات. كما تُوفر بيئة Docker جاهزة لتسهيل نشر النماذج في بيئات الحوسبة عالية الأداء.
Novelty
7/10Tags
Claude Models
Quality Score
Strengths
- Good test coverage (38% test-to-source ratio)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Containerized deployment (Docker)
- Properly licensed project
Weaknesses
- No CI/CD configuration \u2014 manual testing and deployment
- 703 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
- 2 'god files' with >500 LOC need decomposition
Recommendations
- Set up CI/CD (GitHub Actions recommended) to automate testing and deployment
- Add a linter configuration to enforce code style consistency
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (2)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| About: code-quality intelligence by Repobility · https://repobility.com | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | A fast implementation of hurdle models using Rcpp. This package provides the same functionality as the hurdle function in the pscl package, but with improved performance through C++ implementations of key functions. This package is optimized for efficient peak-gene link analysis in large-scale singl | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_category | Data/ML | data-ml | 70% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
