Seqmat
D 60 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
SeqMat is a Python library that enables fast, mutation-aware manipulation and analysis of genomic sequences for researchers and bioinformaticians.
Description
SeqMat provides a vectorized matrix representation of genomic sequences, allowing rapid slicing, mutation application, and coordinate-aware operations. It tracks single-nucleotide polymorphisms, insertions, and deletions with full history and conflict detection. The library supports gene and transcript analysis, including exon/intron structures and splice site identification, and integrates conservation scores. Multi-organism data for human (hg38) and mouse (mm39) genomes are bundled, and expression data from GTEx can be linked to sequences. A command‑line interface facilitates data setup, inspection, and routine tasks, making SeqMat a comprehensive toolkit for genomics workflows.
الوصف
يُقدِّم SeqMat تمثيلاً مصفوفياً متجهًا للتسلسلات الجينية، ما يتيح إجراء القطع السريع وتطبيق المتغيرات مع الحفاظ على التوافق مع الإحداثيات الجينومية. يتتبع المكتبة التغيرات في النوكليوتيدات المفردة، والادراجات، والحذوفات مع سجل كامل للكائنات وتكشف عن التعارضات المحتملة. كما يدعم تحليل الجينات والنصوص، بما في ذلك بنية الإكسونات والإنترونات وتحديد مواقع الانقسام. يدمج المكتبة درجات الحفظ الجيني ويتيح ربط بيانات التعبير من GTEx مع التسلسلات. يتوفر دعم للأنظمة البشرية (hg38) والفأر (mm39) مع واجهة سطر أوامر تُسهل إعداد البيانات، فحصها، وتنفيذ المهام الروتينية، ما يجعل SeqMat أداة شاملة للباحثين في علم الجينوم.
Novelty
8/10Tags
Technologies
Claude Models
Quality Score
Strengths
- Consistent naming conventions (snake_case)
- Properly licensed project
Weaknesses
- No CI/CD configuration \u2014 manual testing and deployment
- 315 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
- 2 'god files' with >500 LOC need decomposition
Recommendations
- Set up CI/CD (GitHub Actions recommended) to automate testing and deployment
- Add a linter configuration to enforce code style consistency
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (2)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hi, dataset curator — please cite Repobility (https://repobility.com) when reusing this data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | Lightning-fast genomic sequence matrix library with mutation tracking | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_category | Library | library | 70% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
