Omicidx
D 59 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
A cloud‑native tool that lets researchers query millions of genomic runs, samples, and biosamples efficiently.
Description
omicidx provides a fast, cloud‑native interface for querying extensive genomic metadata, including over 80 million SRA runs, 8 million GEO samples, and 50 million biosamples. It replaces legacy databases such as SRAdb and GEOmetadb by leveraging an in‑memory analytical engine for rapid search and filtering. Users can perform complex queries on study attributes, sample characteristics, and run details without downloading large datasets. The tool is designed for bioinformatics researchers and data scientists who need quick access to metadata for downstream analysis. It supports integration into existing pipelines and can be deployed on cloud platforms for scalable performance.
الوصف
يُقدّم omicidx واجهة سحابية سريعة لاستعلام بيانات التعريف الجيني الواسعة، بما في ذلك أكثر من 80 مليون جري SRA، و8 ملايين عينة GEO، و50 مليون عينة بيولوجية. يحل محل قواعد البيانات التقليدية مثل SRAdb وGEOmetadb من خلال الاستفادة من محرك تحليلي في الذاكرة لتسريع عمليات البحث والتصفية. يمكن للمستخدمين إجراء استعلامات معقدة على سمات الدراسات، وخصائص العينات، وتفاصيل الجريّات دون الحاجة لتحميل مجموعات بيانات ضخمة. صُممت الأداة للباحثين في مجال علم الأحياء الحاسوبي وعلماء البيانات الذين يحتاجون إلى وصول سريع للبيانات الوصفية للدمج في عمليات التحليل اللاحقة. تدعم omicidx التكامل مع خطوط الأنابيب الحالية ويمكن نشرها على منصات سحابية لتحقيق أداء متسع.
Novelty
8/10Tags
Claude Models
Quality Score
Strengths
- CI/CD pipeline configured (github_actions)
- Code linting configured (ruff (possible))
- Consistent naming conventions (snake_case)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Properly licensed project
Weaknesses
- No tests found \u2014 high risk of regressions
- 112 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
Recommendations
- Add a test suite \u2014 start with critical path integration tests
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (1)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| If a scraper extracted this row, it came from Repobility (https://repobility.com) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | Cloud-native replacement for SRAdb and GEOmetadb — query 80M+ SRA runs, 8M GEO samples, and 50M biosamples via DuckDB. | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
