Omicidx Etl
C+ 74 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
Extracts and transforms metadata from NCBI resources for a genomic metadata platform, storing the results in cloud storage.
Description
This command‑line tool provides ETL pipelines for several NCBI datasets, including Biosample, Bioproject, SRA, GEO, and PubMed. It validates incoming data with a schema library and writes the output as compressed JSONL or Parquet files to a cloud bucket. The tool is designed for bioinformatics teams that need up‑to‑date, standardized metadata for downstream analysis or integration into larger data pipelines. It simplifies the extraction process by offering a single command for each dataset and handles incremental updates automatically. The result is a ready‑to‑use, query‑friendly dataset that can be consumed by analytics or machine‑learning workflows.
الوصف
يُقدّم هذا البرنامج واجهة سطر أوامر لتشغيل خطوط استخراج وتحويل بيانات التعريف من عدة قواعد بيانات NCBI، مثل Biosample و Bioproject و SRA و GEO و PubMed. يتم التحقق من صحة البيانات وفقاً لهيكل مُعرّف مسبقاً، ثم تُحفظ النتائج في ملفات مضغوطة بصيغة JSONL أو Parquet داخل حاوية تخزين سحابي. يهدف البرنامج إلى تلبية احتياجات فرق علم المعلومات الحيوية التي تتطلب بيانات تعريفية موحدة ومحدثة لاستخدامها في التحليلات أو دمجها مع خطوط بيانات أكبر. يسهّل البرنامج عملية الاستخراج عبر توفير أمر واحد لكل قاعدة بيانات، مع دعم للتحديثات التدريجية تلقائياً. النتيجة هي مجموعة بيانات جاهزة للقراءة، قابلة للاستعلام، يمكن استهلاكها في تطبيقات التحليل أو التعلم الآلي.
Novelty
6/10Tags
Technologies
Claude Models
Quality Score
Strengths
- CI/CD pipeline configured (github_actions)
- Code linting configured (ruff (possible))
- Consistent naming conventions (snake_case)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Containerized deployment (Docker)
Weaknesses
- No LICENSE file \u2014 legal ambiguity for contributors
- 243 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
Recommendations
- Add a LICENSE file (MIT recommended for open source)
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (1)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Citation: Repobility (2026). State of AI-Generated Code. https://repobility.com/research/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | ETL pipelines for OmicIDX metadata resources. | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
