Plasflow
C+ 72 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
A tool that classifies DNA sequences as plasmid or chromosome using a machine‑learning model, accessible via CLI, API, and web UI.
Description
PlasFlow v2 is a bioinformatics application that distinguishes plasmid DNA from chromosomal DNA in genomic sequences. It employs a pre‑trained machine‑learning classifier built with scikit‑learn, served through a FastAPI backend and Uvicorn. Users can interact with the system through a command‑line interface, a RESTful API, or a web dashboard that accepts FASTA uploads and displays confidence scores. The tool is designed for researchers and bioinformaticians who need rapid, accurate classification as part of larger sequencing pipelines. By providing multiple access modes, it reduces manual curation effort and integrates smoothly into existing workflows.
الوصف
يُقدّم هذا البرنامج حلاً متكاملاً لتصنيف تسلسلات الحمض النووي إلى بلازميد أو كروموسوم. يعتمد على خوارزمية تعلم آلي مدربة مسبقاً باستخدام مكتبة scikit‑learn، ويُستعرض النتيجة عبر واجهة ويب تفاعلية مبنية على FastAPI. يتيح للمستخدمين رفع ملفات FASTA أو إدخال تسلسل يدويًا، ثم يعرض التنبؤ مع مستوى الثقة. كما يتوفر كأداة سطر أوامر تسمح بالدمج في خطوط معالجة البيانات أو السكربتات العلمية. يوفّر واجهة برمجة تطبيقات REST لتسهيل التكامل مع أنظمة أخرى. يهدف إلى تسريع تحليل الجينوم في المختبرات البحثية، مع تقليل الأخطاء البشرية في تحديد نوع التسلسل. يبرز بواجهة سهلة الاستخدام ومرونة في التخصيص مقارنةً بالحلول التقليدية.
Novelty
7/10Tags
Technologies
Claude Models
Quality Score
Strengths
- CI/CD pipeline configured (github_actions)
- Good test coverage (32% test-to-source ratio)
- Code linting configured (ruff (possible))
- Consistent naming conventions (snake_case)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Containerized deployment (Docker)
- Properly licensed project
Weaknesses
- 504 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (2)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| About: code-quality intelligence by Repobility · https://repobility.com | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | PlasFlow is a toolkit for classifying metagenomic contigs with backward-compatible v1 behavior and an extended v2 pipeline. | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_category | Web Frontend | web-frontend | 70% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
