Viewseurat
C+ 74 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
A read‑only web application for interactive exploration of Seurat objects.
Description
ViewSeurat is a read‑only web application that lets users explore Seurat objects interactively. Users can upload .rds or .qs2 files, or pass a Seurat object directly from R, and the app presents a comprehensive overview of the object’s assays, metadata, dimensionality reductions, and spatial images. The interface displays searchable tables for counts, data, and scale.data matrices, variable features, and feature metadata, along with distribution plots for metadata columns. It also visualizes 2D embeddings such as UMAP, tSNE, and PCA, and supports spatial transcriptomics platforms like 10X Visium, Xenium, and Nanostring CosMx. Designed for bioinformaticians and single‑cell researchers, the tool provides a quick, non‑destructive way to inspect and share Seurat objects.
الوصف
يتيح هذا التطبيق واجهة ويب تفاعلية لعرض كائنات Seurat دون تعديلها. يمكن للمستخدم رفع ملفات بصيغة .rds أو .qs2 أو تمرير كائن Seurat مباشرة من بيئة R. يعرض التطبيق ملخصًا للمعاملات الأساسية مثل العدّ، والبيانات المقيّسة، والميزات المتغيرة، مع جداول قابلة للبحث. كما يتيح استعراض بيانات التعريف مع رسومات توضيحية توضح التوزيع، بالإضافة إلى مخططات 2D للانحطاطات مثل UMAP وtSNE وPCA. يدعم التطبيق أيضًا عرض الصور المكانية للأنسجة، مع إمكانية تلوينها حسب بيانات التعريف، ويشمل منصات مثل 10X Visium وNanostring CosMx و10X Xenium. يتيح للمستخدم استكشاف جميع العناصر الداخلية لكائن Seurat عبر أزرار تفاعلية، مما يسهل فحص البنى المعقدة دون الحاجة لتعديل الكائن.
Novelty
6/10Tags
Claude Models
Quality Score
Strengths
- CI/CD pipeline configured (github_actions)
- Good test coverage (89% test-to-source ratio)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Containerized deployment (Docker)
- Properly licensed project
Weaknesses
- 351 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
- 1 'god files' with >500 LOC need decomposition
Recommendations
- Add a linter configuration to enforce code style consistency
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (1)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Source: Repobility analyzer · https://repobility.com | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | Read-only Shiny app for viewing Seurat objects. Upload an .rds or .qs2 file, or pass a Seurat object directly from R. | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
