Marmot
C 68 completedPipeline State
completedPipeline Metadata
AI Prompt
Catalog Information
This R-based pipeline processes spectral flow cytometry data, performing clustering, dimensionality reduction, and visualization for organoid research.
Description
The pipeline ingests spectral flow cytometry files and applies a series of preprocessing steps to correct for spillover and normalize signals. It then performs unsupervised clustering using algorithms such as FlowSOM and Rphenograph, followed by dimensionality reduction with UMAP, t‑SNE, and optional PARC or PaCMAP. Results are compiled into a comprehensive report that includes heatmaps, violin plots, and interactive visualizations. A Shiny application allows users to explore clusters, export PDFs, and generate FCS files for downstream analysis. The tool is designed for researchers working with organoid models who need a reproducible, code‑free workflow.
الوصف
يستقبل الخط أنابيب ملفات التدفق الطيفي ويطبق سلسلة من خطوات المعالجة المسبقة لتصحيح التداخل وتطبيع الإشارات. ثم يُجرى التجميع غير الموجه باستخدام خوارزميات مثل FlowSOM وRphenograph، يليه تقليل الأبعاد باستخدام UMAP وt‑SNE، مع إمكانية استخدام PARC أو PaCMAP. تُجمع النتائج في تقرير شامل يتضمن خرائط الحرارة، مخططات القلم، ومخططات تفاعلية. يتيح تطبيق Shiny للمستخدمين استكشاف التجمعات، تصدير ملفات PDF، وإنشاء ملفات FCS للمعالجة اللاحقة. تم تصميم الأداة للباحثين الذين يعملون مع نماذج الأعضاء المجهرية ويحتاجون إلى سير عمل قابل للتكرار وخالي من الكود.
Novelty
7/10Tags
Claude Models
Quality Score
Strengths
- CI/CD pipeline configured (github_actions)
- Good security practices \u2014 no major issues detected
- Containerized deployment (Docker)
- Properly licensed project
Weaknesses
- 1 files with critical complexity need refactoring
- 891 duplicate lines detected \u2014 consider DRY refactoring
- 1 'god files' with >500 LOC need decomposition
Recommendations
- Add a linter configuration to enforce code style consistency
Security & Health
Languages
Frameworks
Concepts (2)
| Category | Name | Description | Confidence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Repobility — the code-quality scanner for AI-generated software · https://repobility.com | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_description | Project Description | Multifaceted R Pipeline for Measuring Spectral Flow Cytometry Data | 80% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| auto_category | Web Frontend | web-frontend | 70% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Embed Badge
Add to your README:
