This repository contains the analysis code for a retrospective cohort study comparing the risk of epilepsy/seizure among new users of semaglutide versus other glucose-lowering drugs (other GLP-1 receptor agonists, SGLT2 inhibitors, and other glucose-lowering drugs), using electronic health record da
wwadley-lucas__bulkRNA-seq-script-R
A multi-omics integration tool that combines TOBIAS TF footprinting, ATAC-seq accessibility, and RNA-seq expression to build pathway-centric transcription factor regulatory networks.
Supplementary analysis for a thymic carcinoma case report (CR achieved with venetoclax + 5-AZA). This pipeline analyzes BCL2 family expression, copy number, and survival data from the TCGA-THYM cohort.
> Manuscript Title: Restoration of trophic cascades within kelp forests following the establishment of a network of marine protected areas
Landscape characteristics structure coral-associated fauna communities and their effects on coral condition
R-based replication of the SSA Office of the Chief Actuary's long-range OASDI projection model, targeting the 2025 Trustees Report (TR2025) intermediate assumptions. Projects the Social Security area population from 2022 through 2099 using the component method (births, deaths, immigration).
skthewimp__blog-text-analysis
This project, Open-Canopy R, estimates canopy height from IGN orthophotos and pre-trained models.
هذا المشروع، Open-Canopy R، يقوم بتقدير ارتفاع الغابة من صور الأرض IGN و MODELS مدربة مسبقاً. يعدّل هذا المشروع هذه MODELS للاستخدام مع بيانات IGN ذات-resolution أعلى (0.20م) مقارنة بالبيانات الأصلية Open-Canopy (1.5م). مما يسمح بتقديرات أكثر دقة و فهم أفضل للغابات.
A simulation framework that compares non‑probability survey estimators using quantile‑based covariate representations.
يقدم هذا المشروع دراسة محاكاة مقارنة بين مقدرات الاستطلاع غير الاحتمالية باستخدام تمثيلات متغيرات التوزيع على أساس الكمية. يتضمن تحليلًا لمقدرات الوزن العكسي (IPW)، والتقدير بالاستبدال (MI)، والتقدير المزدوج القوي (DR) تحت إعدادات مختلفة لتمثيل المتغيرات، مثل المتغيرات الأصلية، والمؤشرات الكمية عند الربع، والـ deciles، وغيرها. تُجرى المحاكاة على عينة غير احتمالية مستخرجة من مجتمع محاكاة يتضمن نتائج مستمرة ومتغيرة ثنائية، مع تشغيل 500 تكرار باستخدام الحوسبة المتوازية لضمان التكرار. يستهدف الباحثين في مجال الإحصاء والبحوث الاستطلاعية الباحثين الذين يحتاجون إلى تقييم دقة وأداء المقدرات في ظروف اختيار غير خطية أو غير متجانسة. يحل المشروع مشكلة صعوبة قياس الانحياز والتباين في تقديرات الاستطلاع غير الاحتمالية، ويقدم إطارًا قابلًا للتكرار لتجربة سيناريوهات مختلفة. يميز المشروع نفسه بتركيزه على تمثيلات الكمية الدقيقة والقدرة على تحسين التقديرات عبر استخدام شبكات كميات أكثر دقة مثل الـ deciles.
JTNA is a jamovi module that enables users to perform Transition Network Analysis on sequential data without coding.
JTNA يوفّر واجهة سهلة الاستخدام داخل برنامج jamovi لبناء وتحليل شبكات الانتقال من بيانات تسلسلية بصيغة طويلة. يدعم أنواعاً متعددة من النماذج—النسبية، التردد، التوافر المشترك، والنموذج الانتباهي—مع خيارات قابلية التعديل للمعايير والعتبات. تشمل الميزات المتقدمة حسابات المركزية، وزن الحافة، اكتشاف المجتمعات، تحليل الكليكات، والتحقق بالبوتستراب لتقييم الثبات. كما يتيح الموديول مقارنة الشبكات بين مجموعات مختلفة أو تجميع المشاركين بناءً على أنماط الانتقال. يهدف JTNA إلى الباحثين والمحللين الذين يحتاجون إلى تحليل شبكي متقدم دون الحاجة للبرمجة.
This paper explains collider bias and its implications for causal inference in observational studies.
يقدم البحث نظرة شاملة على تحيز المتصادم، وهو مصدر شائع للانحراف في البحوث الملاحظة. يوضح الأسس النظرية، ويعرض كيف يمكن أن ينشأ تحيز المتصادم في تصاميم الدراسات المختلفة، ويناقش تأثيره على تقدير التأثيرات السببية. يقدم إرشادات عملية لاكتشاف وتخفيف تحيز المتصادم من خلال تصميم الدراسة والتعديل الإحصائي. يستهدف الباحثين، والإحصائيين، وعلماء البيانات الذين يعملون مع البيانات الملاحظة. من خلال توضيح المفهوم وتقديم استراتيجيات قابلة للتطبيق، يساعد البحث على تحسين صحة الاستنتاجات السببية.
The KAT8 Project is a utility for users.
لا يوجد وصف للمشروع. بناءً على اسم المشروع والتقنيات المستخدمة، يبدو أنه أداة أساسية أو أداة.
This project provides a reproducible R-based pipeline for analyzing methane fluxes from tree stems and soils, integrating field measurements, molecular data, and spatial modeling to assess forest methane emissions.
يُعالج مسار العمل 1,148 قياساً لانبعاثات الميثان من جذوع الأشجار و276 قياساً للتربة التي تم جمعها بين عامي 2020 و2023، مع تطبيق تصحيحات الغرف ومعاملات البيئة. يدمج المسار كميات جزيئية للحمض النووي الميثاني من خلال تقنية ddPCR وتسلسل 16S rRNA، لربط تركيبة المجتمع الميكروبي بالبيانات الميدانية. يتم توسيع النطاق الجغرافي عبر نماذج الغابات العشوائية التي تُرفع الانبعاثات على مستوى القطعة إلى كامل الجرد الغابي. يُعد المسار قابلاً للتكرار بالكامل، مع تجميع البيانات في ملفات CSV جاهزة لإعادة التحليل وإعادة توليد الرسوم البيانية عبر سكربتات R. يتيح الباحثون استخدام هذا المسار لاستكشاف العلاقات بين سمات الأشجار، خصائص التربة، وانبعاثات الميثان في الغابات المرتفعة.
This project analyzes tree stem methane emissions in Harvard Forest to understand species- and environment-driven controls.
يقدم المشروع مساراً متكاملاً لدراسة انبعاثات الميثان من جذوع الأشجار في بيئات الغابات الجبلية والبحيرات. يبدأ بتنزيل ومعالجة البيانات من مصادر متعددة، بما في ذلك قياسات غرف الانبعاث، وبيانات أبراج AmeriFlux، وصور PhenoCam، وسجلات المناخ، ليتم دمجها في مجموعة بيانات زمنية موحدة. تُجرى التحليلات الأساسية لتوليد مخططات زمنية، وملخصات إحصائية، ونماذج تأثير مختلط لتحديد العوامل التي تؤثر على انبعاثات الميثان حسب النوع البيولوجي والبيئة. كما يتضمن المشروع رسومات للتحقق من الجودة، ومقاييس التكرار، وتقنيات تصوير متقدمة مثل تصوير المقاومة الكهربائية. يتيح هذا الإطار للباحثين تقييم تأثير درجة حرارة التربة، والرطوبة، وعمق جدول المياه، والظواهر الفينولوجية على انبعاثات الميثان على مستوى الجذوع.
Provides minimal detectable flux, quality filtering, and data transformation methods for chamber-based CH4 flux measurements.
يُقدِّم هذا المجمّع سلسلة من الأدوات لتحليل بيانات انبعاثات الميثان التي تُجمع عبر غرف مغلقة، مع التركيز على تحسين دقة القياسات وجودة البيانات. يتضمن البرنامج تقييمًا دقيقًا للانحرافات اللحظية لكل جهاز، ويتيح اختيار عتبات الكشف المناسبة لتقليل الانحراف في المتوسطات. كما يوفر خيارات تحويل البيانات مثل اللوغاريتم والـ arcsinh، مع توضيح تأثير كل تحويل على توزيع القيم السلبية والإيجابية. يتيح للمستخدمين تشغيل التحليل الكامل أو خطوات محددة حسب الحاجة، مع إمكانية تحميل مجموعات بيانات مختلفة للمعالجة. يستهدف الباحثين في علم الغازات الدفيئة والبيئة الذين يحتاجون إلى أدوات موثوقة لتقليل الأخطاء وتحسين دقة التقديرات. يساهم في توحيد معايير التصفية والتحويل، مما يسهل المقارنات بين الدراسات المختلفة. يبرز التميز في توفير نهج تجريبي متكامل يربط بين جودة البيانات، وتحليل الأداء، وتفسير النتائج البيئية.
A personal portfolio website that presents an individual's professional background, projects, and contact information.
يقدم الموقع عرضاً شاملاً للخبرات المهنية والمهارات التقنية للفرد. يتضمن قسماً للملف الشخصي يوضح الخلفية التعليمية والوظائف السابقة. يحتوي على معرض للمشاريع التي تم تنفيذها مع روابط للملفات أو الشيفرة المصدرية. يتيح للزوار الاطلاع على مقالات أو منشورات شخصية تُظهر التفكير والابتكار. يتضمن نموذجاً للتواصل يسهّل على أصحاب العمل أو الزملاء إرسال استفسارات. تم تصميم الموقع باستخدام أساليب تصميم حديثة لضمان تجربة مستخدم سلسة ومتجاوبة مع جميع الأجهزة.
A command-line utility that automates data preprocessing and statistical analysis workflows using R scripts.
تُعدّ توراس أداة سطر أوامر خفيفة الوزن تهدف إلى تبسيط تنفيذ مهام المعالجة المسبقة للبيانات والتحليل الإحصائي. تنسق الأداة سلسلة من سكربتات R عبر واجهة bash بسيطة، مما يتيح للمستخدمين تعريف خطوط سير العمل في ملف تكوين واحد. تتعامل الأداة تلقائياً مع استيراد البيانات، تنظيفها، تحويلها، وتطبيق النماذج الإحصائية، وتنتج تقارير مخرجات متسقة. تستهدف الباحثين والمحللين الذين يحتاجون إلى سير عمل قابل للتكرار، وتقلل الجهد اليدوي وتحد من الأخطاء. بدمجها مع حزم R الموجودة، توفر مرونة مع تجربة سطر أوامر مباشرة.
Tulaverse is a project for developers, allowing them to create and manage virtual worlds.
يبدو أن تلافرز هو أداة لإنشاء وإدارة عوالم افتراضية. مع عدم وجود معلومات إضافية، يصعب تقديم نظرة عامة مفصلة عن ميزاتها ووظائفها. قد توفر قدرات مثل بناء العالم، إدارة المستخدمين أو التحكم في التلاعب. appears to be a tool for creating and managing virtual worlds. Unfortunately, without further information, it's difficult to provide a detailed overview of its features and functionality. It may offer capabilities such as world-building, user management, or simulation control. The target audience seems to be developers interested in building immersive experiences.